Diese Periode ist nach der 794 zur Hauptstadt ernannten Stadt benannt. Kaiserliche Residenz blieb die später Kyoto genannte Stadt bis 1869, als der Monarch nach Edo (Tokio) übersiedelte.

Kaiser Kammu hatte den Kaiserhof nach Heian-kyo verlegen lassen und er war einer der kraftvollsten Herrschergestalten Japans. Er reorganisierte das Heer, was wahrscheinlich auch durch die wiederholten Feldzüge gegen die Emishi (Anui) im Norden der Hauptinsel nötig geworden war. Die Kontrolle der Lokalverwaltungen war zu seiner Zeit sehr streng, auch schritt er gegen das Anwachsen des steuerfreien, privaten Großgrundbesitzes ein, besonders gegen den der Tempel. Aber schon unter seinen Söhnen erlitten Macht und Ansehen seines Thrones Einbußen, durch eine geschickte Intrige leitete 842 Fujiwara no Yoshifusa (804-872) die beschleunigte Entmachtung des Kaiseerhauses ein. 866 wurde Fujiwara no Yoshifusa zum Regenten ernannt.

Kulturell wurde ein weiterer Höhepunkt erreicht. In der Literatur herrschte noch das Chinesisch vor, in dieser Sprache erschienen Anthologien: das Handbuch Shinsen shojiroku (814) und der offizielle Kommentar zum Taihocodex (833), ebenso die dritte der Reichsgeschichten (841/42). An der staatlichen Hochschule in Kyoto wurden die Führungskräfte ausgebildet, der Gründer der buddhistischen Shingon-Schule, Kukai (774-835) eröffnete 829 eine Privatschule. Saicho gründete die buddhistische Tendai-Schule mit dem Tempel Enryaku-ji auf dem Berg Hiei.

Sei dem 10. Jahrhundert gewannen die Krieger immer mehr an Einfluß. 967 war die Position der Fujiwara so weit gefestigt, daß sie bis 1868 eine der bedeutendsten Hoffamilien blieben. Herausragend unter ihnen war Fujiwara no Michinaga (966-1028). Er leitete die Regierungsgeschäfte von seiner privaten Hauskanzlei aus, die staatlichen Verwaltungsorgane verloren ihre Funktion weitgehend. Allerdings war Michinagas Regentschaft militärisch geschwächt, so daß er zum Schutz des Hofes und der Hauptstadt der Hilfe des Schwertadels bedurfte. Hierin änderte sich auch nichts unter den nächsten Regenten und Kaisern. 1029 schützten Einheiten der Familie Taira die Hauptstadt.

Kyoto wurde von über 3000 Mönchssoldaten vom Kloster auf dem Berg Hiei bedrängt, die großen Tempel unterhielten zu dieser Zeit Bewaffnete, ungeachtet des buddhistischen Gebotes nicht zu töten. Die Kaiser versuchten mehrfach sich von der Vormundschaft der Regenten zu befreien. Das gelang 1087, indem Kaiser Shirikawa (72. Tenno 1073-87) zurücktrat und sich als Exkaiser eine Hofhaltung mit eigenem Verwaltungsapparat aufbaute. Daraus entwickelte sich die Regierungsform der Exkaiser (bis in das 13. Jh. hinein), wodurch der Autoritätsabbau zwar fortgesetzt wurde, dem Hof aber einstweilen Reste der Macht blieben. Stets war die Unterstützung durch den vom Hofadel (Kuge) im Grunde genommen verachteten Schwertadel (Buke) notwendig. Der Hof verpflichtete zunächst die Familie Minamoto, indem er ihnen Privilegien in den Provinzen einräumte und Titel verlieh. In der 1. Hälfte des 12. Jahrhunderts erstarkten die Taira: Taira no Kiyomori (1118-1181) hatte sich im Dienst für den Exkaiser das Monopol für den Chinahandel gesichert und kontrollierte die Schifffahrt in der Inlandsee. Es kam bald zu komplizierten Frontbildungen in der Hauptstadt. Innerhalb des Kaiserhauses ergaben sich Gegensätze durch die Existenz mehrerer Exkaiser. Dadurch entstanden Zwistigkeiten auch unter den Fujiwara. Und zuguterletzt standen die Schwertadelsfamilien der Taira und der Minamoto natürlich in gegnerischen Lagern. Am 19.1.1160 putschten die Minamoto, sie setzten Kaiser und Exkaiser gefangen, konnten sich aber dann nicht behaupten. Taira no Kiyomori schlug die Minamoto und festigte seine Position. Er zog aber den Unbill vieler auf sich, und die Minamoto riefen wieder zum Aufstand gegen ihn auf. Der verbannte Minamoto no Yoritomo folgte diesem Aufruf und sammelte Truppen. Damit begann der Bürgerkrieg (Gempeikrieg), in dessen Folge die Taira die Vorherrschaft verloren. Das organisatorische Geschick und die taktische Begabung des Minamoto no Yoshitsune (Yoritomos Halbbruder) brachte die Taira in arge Bedrängnis und die Kämpfe endeten mit der Seeschlacht von Dannoura, mit einem großen Sieg der Minamoto am 25.4.1185.