Noch während des Bürgerkrieges hatte Minamoto no Yorimoto begonnen, seine eigene Administration in Kamakura aufzubauen. Immer mehr Krieger stießen zu ihm. Nach dem Sieg 1185 setzte er in allen Provinzen Militärgouverneure ein und legte die Grundlagen für eine feudalistische Staatsorganisation. Mit seiner Ernennung zum Shogun 1192 begann formell das erste Shogunat. Der Kaiser in Kyoto war nun entmachtet und lediglich seine Unterschrift zur Bestallung der Shogune war erforderlich. Diese Art der gegenseitigen Abhängigkeit sicherte den Fortbestand des Kaiserhofes während der folgenden 700 Jahre Kriegerherrschaft.

Yorimoto starb 1199 und mit dem Tod seines Sohnes starb diese Linie aus. Nach Kamakura holte man nun Shogune aus der Fujiwara-Familie und vom Kaiserhof. Bemühungen des Hofes die Regierungsgewalt zurückzuerlangen, scheiterten. Am spektakulärsten war der Versuch von 1221. Zur Zeit Yasutokis stieg das Ansehen des Shogunats, ebenso unter seinem Urenkel Hojo Tokimune (Shikken 1268-84), der die Mongoleninvasion abwehrte. Kublai Khan fiel mit starken Verbänden 1274 und 1281 in Kyushu ein. Er scheiterte beide Male. Unter den Führern Kamakuras kam es schließlich durch die Misswirtschaft Hojo Takatokis (Shikken 1316-26) zu Zerwürfnissen. Das erleichterte es Kaiser Godaigo (96. Tenno 1318-39), zum Aufstand gegen die Hojos aufzurufen. Thronfolgestreitigkeiten hatten aber auch zum Bruch innerhalb des Kaiserhauses geführt und Kogon wurde zum Gegenkaiser eingesetzt (1. Nordkaiser 1331-33). Ashikaga Takauji (1305-58) wurde mit Hojo-Truppen gegen Godaigo gesandt, wechselte aber die Front und eroberte im Juni 1333 für Godaigo Kyoto. Kamakura fiel einen Monat spaeter. Das Kamakura-Shogunat brach zusammen und die führenden Hojo begingen Selbstmord.