Die Stadt mit ihren rund 1,4 Mill. Einwohnern liegt in einer Ebene, die von 3 Seiten von Bergen umgeben ist, nur nach Süden ist sie offen. In der fruchtbaren Ebene mit einer N-S-Ausdehnung von 20 km und einer W-O-Ausdehnung von 8-12 km fließen im Osten der Kamogawa- und im Westen der Katsugara-Fluß. Die Ebene wurde im 3./4.Jh. besiedelt, erste Erwähnung fanden der Shimogamo- und der Kamigamo-Schrein. Sie galten später dem Kaiserhaus als Schutzheiligtümer der Stadt.
Nach der Taika-Reform (646) gehörte das Gebiet zur Provinz Yamashiro, 793 wählte Kammu Tenno, nach nur 10 Jahren Residenz in Nagoya, das damalige Dorf Uda als Bauplatz der neuen Hauptstadt Heian-kyo aus. Bei der Wahl des Standortes ließ man sich von chinesischen Umweltvorstellungen leiten, da er z.B. die glückverheißenden Bedingungen - 3 Berge und 2 Ströme - erfüllte. Heian-kyo (Hauptstadt des Friedens) oder oftmals auch nur Miyako (kaiserliche Residenz) genannt, wurde wie zuvor Nara nach dem Vorbild von Ch'ang-an, der Hauptstadt der chinesischen Dynastie, im Schachbrettmuster angelegt. Im Norden des 5,3 km langen und 4,6 km breiten Rechtecks lag die kaiserliche Residenz Dai-dairi mit Palast, Regierungsgebäuden und Staatshalle. Vom Suzuka-mon-Tor in der Mitte der Südfront verlief gerade auf das südliche Stadttor Rashomon die 85 m breite Hauptstraße Suzaku-oji, die die Stadt in zwei Hälften teilte, in den Sakyo-ku (Ostteil) und den Ukyo-ku (Westteil). Von Norden nach Süden wurde Miyako von 9 durchnummerierten Alleen unterteilt, der Palast lag zwischen der ersten (ichijo-oji) und der zweiten (nijo-oji), zwischen der 6. (rokujo-oji)und der 7. (shichijo-oji) befand sich in jeder Hälfte der Stadt je ein Markt. Nur hier war Handel erlaubt. Dieses Straßensystem ist heute zum Teil noch recht gut erkennbar.

Zunächst wurde der Bau von Tempeln einflußreicher buddhistischer Sekten verboten, nur am Südrand der Stadt wurden der Osttempel To-ji und der Westtempel Sai-ji errichtet. Um 818 sollen schon 500000 Einwohner hier gelebt haben. Schon 40 Jahre nach Gründung der Stadt verödete aber der Westteil, da die Planung wohl doch etwas zu großzügig war und das Zentrum verschob sich in Richtung Osten. Unzählige Male wurde der Kaiserpalast von Erdbeben und Feuer zerstört und ebenso oft wurde er immer wieder aufgebaut. Im 14. Jh. wurde der Nebenpalast Tsuchimikadosato-dairi an der Stelle des heutigen Gosho die neue Residenz.

In der Heian-Zeit entfaltete der Hofadel ein glanzvolles Leben im Luxus und widmete sich mehr der Pflege der schönen Künste als den Regierungsgeschäften. Im 12. Jh. gelang es dem Samurai-Clan der Taira in der Auseinandersetzung zweier Ex-Kaiser den Einfluß der Fujiwara-Regenten zu brechen und die Macht zu übernehmen, bis sie mit ihrem Kindkaiser Autoku von den Minamoten 1185 geschlagen wurden (Gempei-Krieg). Die Regierungsgewalt ging nun auf das Shogunat unter minamoto Yoritomo in Kamakura über, in Kyoto verblieb das Zentrum für Kultur. Mit dem Fall der Minamoto in Kamakura und der Machtübernahme durch die Ashikaga 1336 wurde der Sitz der Militärregierung nach Kyoto verlegt. Der Wechsel dieses Shogunats nach Kyoto (im Stadtteil Muromachi, deshalb Muromachi-Periode) bedeutete eine Verfestigung der Machtverhätnisse.

Aus dieser Zeit stammen die meisten Tempel und Gärten, die unter dem Einfluß von als kulturellen und wirtschaftlichen Beratern fungierenden Zen-Mönchen errichtet wurden. Der enorme kulturelle Aufschwung stand jedoch im krassen Widerspruch zur katastrophalen Lage der Stadtbevölkerung, allein von 1361 bis 1379 (Regierung Yoshimitsu) gab es 11 schwere Erdbeben, Pest- und Pockenepidemien, Mißernten und Hungersnöte, was Yoshimitsu nicht davon abhielt, den prunkvollen Muromachi-Palast zu errichten. Noch schlimmer war es zu Yoshimasas Zeiten, von 1447 bis 1462, Seuchen, Erdbeben, Feuer und Hunger forderten mehr als 11000 Opfer, so daß sich an manchen Stellen in der Stadt die Toten regelrecht stapelten. Es kam zu Aufständen, die Bauern und Städter forderten eine gerechte Regierung im konfuzianischen Stil. Die Ashikaga Shogune ignorierten dies jedoch und zogen sich damit den Grimm des ebenfalls verarmenden Kaiserhauses zu und verloren ihre Vormachtstellung an die erstarkten lokalen Feldherren. Mit den kriegerischen Auseinandersetzungen der Hosokawa und Yamana (1476-78) wurde Kyoto selber zum Schlachtfeld. Die Verwüstungen von Hauptstadt und Land wurden in den mehr als 100 jährigen bürgerkriegsähnlichen Zuständen, in denen sich die Daimyate bekämften, fortgesetzt (1467-1600). Toyotomi Hideyoshi, Kriegsherr und Kunstliebhaber, forcierte den Wiederaufbau der Residenzen und Tempel. Das Momoyama-Schloß in Fushimi im Südosten Kyotos, gab der Kunstepoche von 1573-1615 ihren Namen, besonders bedeutend in dieser Zeit waren Lackmalereien, Webkunst, die Herstellung von Wandschirmen, Schnitzwerke, die Teekunst, Keramiken und Gartenanlagen. Politisch fiel die Stadt mit Errichtung des Tokugawa Shogunats in Edo (heutiges Tokyo) faktisch zurück in die Bedeutungslosigkeit, die in der Verlegung der kaiserlichen Residenz unter Meji Tenno nach Edo 1869 gipfelte.
Der Symbolgehalt der "1000-jährigen Kaiserstadt" in der heutigen Zeit ist aber nicht zu unterschätzen. Noch heute finden hier die Thronbesteigungszeremonien statt. Kyoto ist heute die am meisten besuchte Stadt in Japan und hat etwas museales an sich. Dieses Image wird von der Präfektur und dem Staat systematisch gepflegt und so wird Industrie nur im Süden der Stadt angesiedelt.